In der um 741 gegründeten Abtei leben Mönche im römisch-katholischen und eine Gruppe von Mönchen im ostkirchlich-byzantinischen Ritus unter einem gemeinsamen Klosterdach.
Das ökumenische Engagement der Abtei begann in den 1930er Jahren, um mittels einer gelebten Vermittlung den Reichtum der Ostkirche im Westen bekannter zu machen und zur Verständigung zwischen den getrennten Christen beizutragen. So feiert – parallel zu den römischen Gebetszeiten – ein Teil der Klostergemeinschaft das tägliche Stundengebet und die eucharistische Liturgie im byzantinischen Ritus (in deutscher Sprache), was besonders an den Hochfesten zahlreiche Gäste anzieht.
Neben Gebet und Gottesdienst sehen die 20 Mönche der Abtei ihre Hauptaufgaben in der spirituellen und theologischen Bildungsarbeit, im Tagungs- und Gästebetrieb, in der Seelsorge sowie in der Erziehungsarbeit im klostereigenen Gymnasium St. Gotthard. Handwerk, Kunst, Bibliothek, Verwaltung, Landwirtschaft, Garten, Likörkellerei und Klosterladen vervollständigen die Tätigkeitsbereiche der Abtei.
Die große, in ihrer Substanz gotische Hallenkirche beherrscht seit 700 Jahren die niederbayerische Donaugegend unterhalb der Isarmündung, mit den beiden Türmen unübersehbar für die Fahrer auf der A3 sowie die Radfahrer auf dem Donauradweg.
Der Umbau anlässlich der 1000-Jahr-Feier (1731) zählt zu den bemerkenswertesten Kirchenbauten des süddeutschen Barocks. Das Kirchen-Innere besticht durch die Wucht der Architektur, die leichten Stuckaturen, die farbenfrohen Fresken, die Besonderheit ovaler Deckenöffnungen in den Seitenschiffen, die einen „Blick in den Himmel“ ermöglichen, sowie die prächtig ausgestattete Sakristei.
In einem Gebäudetrakt aus dem 17. Jh. mit schönem barocken Gewölbe und guter Akustik wurde 1986 eigens eine byzantinische Kirche eingerichtet. Die Vorhalle (Exo-Narthex) ist mit Wandmalereien ausgemalt. Die Ikonostase (Bilderwand) zwischen dem Kirchenschiff (Naos) und dem Altarraum mit ihren zahlreichen Ikonen stellt den Schauenden ein Himmelsspektrum vor Augen.
